Ausschließlicher Zweck der Stiftung ist die unmittelbare Förderung der Wissenschaft an Hochschulen und gemeinnützigen Forschungseinrichtungen. Anträge können grundsätzlich nur aus einer Hochschule bzw. gemeinnützigen Forschungseinrichtung heraus gestellt werden. Antragsteller/innen müssen promoviert sein. Nachwuchswissenschaftler/innen können im Rahmen eines Projekts die eigene Stelle beantragen. Die Fritz Thyssen Stiftung steht Förderungsanträgen aus allen Bereichen der Geschichtswissenschaften offen.